Gewässer sind wichtige Lebensräume mit einer oft sehr speziellen Besiedlung. Deshalb fordert die EU-Wassserrahmenrichtlinie bis 2015 für alle Gewässer einen guten ökologischen Zustand mit dem Ziel möglichst naturnahe Gewässer zu erreichen. Naturnah bedeutet, dass das Fließverhalten möglichst ungestört ist, dem Fluss verschiedene Wasserstände und den damit verbundenen Wechselwirkungen mit dem Ufer bzw. Umland ermöglicht werden. Bestimmbar ist der ökologische Zustand zum einen darüber wie viele Arten im Vergleich zu einem natürlichen Gewässer vorkommen, zum anderen über die Gewässergüte und -struktur.

Bei der Gewässergüte werden die Belastung des Gewässers mit totem, organisch-abbaubaren Material und das Vorkommen bestimmter charakteristischer Tierarten berücksichtigt. Deren Artenzusammensetzung ermöglicht die Zuordnung einer Güteklasse. Die Dreisam ist nach dem Gewässerentwicklungsplan als unbelastet bis gering belastet einzustufen und hat einen artenreichen Fischbestand. Vorwiegend sind vor allem Äschen, Barben, Döbel, Rotaugen, Hasel und Gründlinge zu finden, die jedoch alle eine sehr geringe Größe und Lebensalter aufweisen. Die Nase - eine weitere heimische Art fehlt dagegen vollkommen. Als Ursache für das Fehlen der Nase bzw. die Kleinwüchsigkeit der anderen Fische gilt die monotone Struktur der Dreisam, welche ein Überleben der Fische bei sommerlichen Niedrigwasserständen erheblich erschwert.

Die Gewässerstruktur bezieht sich auf den Verlauf, das Profil, die Sohlenstruktur und das Ufer. Die Dreisam ist ein stark bis sehr stark verändertes Fließgewässer mit sehr geradlinigem Verlauf. Es fehlen Längs- sowie Querbänke, die die Strömung und Wassertiefe beeinflussen. Dadurch gibt es keine tieferen Buchten oder seichtere Stellen, die den verschiedenen Lebensansprüchen der Fische wie z. B. als Brutstätte, Rückzugsgebiet usw. dienen können. Zudem wird die sommerliche Austrocknung durch die fehlende Ufervegetation begünstigt und auch der durchgängige Damm wirkt sich negativ auf den Gewässerzustand aus, da der Fluss in seinem Fließverhalten beschränkt wird.

Um einen guten ökologischen Zustand zu erreichen sind Maßnahmen notwendig. Eine Möglichkeit wäre die Dammrückverlegung, durch die der Fluss einen vielseitigeren Verlauf mit verschiedenen Wassertiefen und Strömungserscheinungen ausbilden kann. Somit gäbe es für Fische und andere Wasserbewohner mehrere kleinere Lebensräume, in die sie bei schlechten Lebensbedingungen wie z. B. Nahrungsmangel, Austrocknung usw. ausweichen können. Allerdings müssten dafür noch Wanderhindernisse wie Querverbauungen beseitigt oder zumindest für sprungschwache Wasserbewohner überwindbar gemacht werden. Ergänzend wäre auch das Einbringen von Felsblöcken bzw. Aufschütten von Sandbänken eine weitere Maßnahme, die zu einer Verbesserung der Gewässerstruktur beitragen könnte.